NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığının vazifesi NATO Güney Avrupa Müttefik Kuvvetleri Komutanlığının sorumluluk bölgesinin güvenliğinin ve toprak bütünlüğünün sağlanmasına katkıda bulunmaktır. NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı bölge dahilinde olduğu gibi bölge dışında da harekat icra etmeye ve diğer kuvvetleri desteklemeye veya takviye etmeye hazırlıklı olacak; işbirliği ve diyalogla barışın korunması ve istikrarın güçlendirilmesine katkıda bulunacak; buhran yönetimine katılacak ve NATO Güney Avrupa Müttefik Kuvvetleri Komutanlığının tahsis edeceği genişletilmiş rol ve vazifelerle ilgili olarak planlama yapma, bu vazifeleri icra etme veya bu gibi vazifelerin ifasına destek sağlamaya hazırlıklı olacaktır. 

Barışta, NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı İttifak’ın genel siyasi hedeflerini benimseyen NATO üyesi olmayan ülkelerle diyalog, ortaklık ve işbirliği ile bölgede barış ve istikrarın idamesine katkıda bulunur. Aynı zamanda bölgeye barışta, buhran döneminde veya harpte tahsis edilecek kuvvetlerin ihtiyaçları ve bunlarla ilgili plan ve usulleri hazırlar. Bunlara tatbikatların planlanması ve icrası da dahildir. Bölgede barışın gelişmesi katkıda bulunulması için aynı zamanda,NATO ve Barış İçin Ortaklık (BİO) ülkelerinin askeri personeli ararsında birlikte harekat icra etme yeteneğini arttırıcı eğitim tatbikatlarına ağırlık verilmektedir.

Buhran dönemlerinde, NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı siyasi girişimleri desteklemek üzere askeri tedbirler önerir ve icra eder veya NATO’nun Birleşmiş Milletler (BM) ve Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Teşkilatı (AGİT)’nın faaliyetlerine sağladığı desteğe katkıda bulunur.

Caydırmanın başarısızlıkla sonuçlanması halinde, NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı Kuzey Atlantik Antlaşmasının 5nci maddesi kapsamına giren ve/veya girmeyen ve vazifeye bağlı olarak belirlenen bir müşterek harekat bölgesi dahilinde tahsis edilen bütün kuvvetlerin kontrolundan sorumludur.

Sonuç olarak NATO’nun güneydoğu bölgesinin kalesi olan NATO Güneydoğu Avrupa Müşterek Komutanlığı ,dünyanın bu çok önemli stratejik bölgesinde barış ve istikrarın devam ettirilmesinde hayati rol oynamaktadır.